Гомологичные органы в отличие от аналогичных развиваются из сходных зачатков. Особенно яркими примерами могут служить скелет, система кровообращения и выделительная система млекопитающих, которые имеют одинаковый план строения.Установление гомологии органов позволяет найти степень родства между организмами. При этом эволюционные взаимоотношения учитываются только у организмов, имеющих сходство в строении гомологичных органов, которые обладают сходным общим строением, сходными взаимоотношениями с окружающими их органами и тканями, сходным эмбриональным развитием и сходной иннервацией и кровоснабжением. Наличие гомологичных органов представляет собой веский довод в пользу общности происхождения их обладателей.