Водный режим Миссисипи, как и любой реки, – это изменение во времени уровня и объема воды. Он четко отражает колебания климатических показателей в течение года. Недаром говорят: «реки – это зеркало климата». В верхнем течении водный режим Миссисипи зависит от количества талых снеговых и дождевых вод, с продвижением на юг возрастает роль дождевого питания.
Питание реки смешанное, снегово-дождевое. Правые притоки приносят преимущественно талые воды, образованные таянием снегов в Скалистых горах, левые притоки питают Миссисипи дождевыми и ливневыми водами. Для режима Миссисипи характерны весенне-летнее половодье и бурные дождевые паводки; самые высокие паводки образуются при совпадении периодов таяния снегов в бассейне верхней Миссисипи и в бассейне Миссури и выпадения обильных дождей в бассейне Огайо, водоносность которой значительно превышает водоносность Миссисипи в месте их слияния. В таких случаях в среднем и нижнем течении Миссисипи возникают сильные наводнения, которые характерны также и для всех крупнейших притоков Миссисипи.
В верховьях Миссисипи протекает через многочисленные болота и озера, образуя пороги и перекаты. Здесь река широкая, но несудоходна, вода ее прозрачная. Разливается Миссисипи в теплое время года, а зимой покрывается льдом.
Режимы рек системы Миссисипи достаточно разнообразны. Да, те из них, истоки которых находятся в Скалистых горах, наивысший уровень имеют летом. Зимой они на несколько месяцев покрываются льдом. Правые притоки среднего течения Миссисипи имеют режим прерианского, а левые — аппалачского типов. В нижнем течении река никогда не замерзает.