В результате исследования рельефа дна и характера грунтов, ученые пришли к выводу, что в предледниковый период на месте Балтийского моря была суша. Затем, во время ледниковой эпохи, впадина, в которой сейчас расположено море, заполнили льды, процесс таяния которых привел к образованию озера с пресной водой.
Около 14 тыс.лет назад это озеро соединилось с океаном в результате опускания участков суши - озеро превратилось в море. Затем, после очередного поднятия суши в районе Центральной Швеции связь моря с океаном разорвалась, и оно опять превратилось в замкнутый водоем озерного типа.
Примерно 7 тыс.лет назад произошло очередное опускание суши в районе современных Датских проливов и возобновилась связь озера с Атлантикой.
Животный мир Балтийского моря относительно беден представленными видами. Особенностью фауны моря является распределение пресноводных и морских видов животных по различным районам. В северных, более пресных районах, особенно возле устьев рек, обитают, преимущественно пресноводные животные и виды, легко переносящие опреснение воды. Ближе к Датским проливам воды моря значительно солонее, поэтому здесь можно встретить много типично морских обитателей. Общий видовой состав моря скудный, но довольно богат в количественном выражении.
Бедность фауны моря объясняется и его молодостью, ведь в том виде, который оно имеет сейчас, его возраст исчисляется всего пятью тысячелетиями. По прогнозам ученых, пройдет еще 5000 лет, и Балтийское море вновь потеряет связь с океаном и превратится в большое пресное озеро. Многие формы морской жизни за такое короткое время просто не успели адаптироваться к местным условиям существования.
Тем не менее, количественный состав обитающих в Балтийском море животных достаточно велик.
Донные виды животных представлены, в основном червями, брюхоногими и двустворчатыми моллюсками, мелкими ракообразными и донными рыбами - камбалой, бычками. Кое-где можно встретить мохнаторукого краба - пришельца из Северного моря и прижившегося здесь. Вблизи Датских проливов встречается даже гигант среди медуз - цианея. А другой вид медуз - ушастая аурелия в Балтийском море встречается почти повсеместно. Мелкие стайные рыбы - трехиглая колюшка, балтийский шпрот.
В опресненных районах моря много речной рыбы: плотвы, окуня, щуки, леща, язя, судака, проходного сига, налима и др.
В Балтийском море промышляют таких ценных рыб, как салаку (около половины всего улова рыбы), кильку (шпрот), лосося, угря, треску, камбалу.
Морские млекопитающие в Балтийском море представлены лишь тремя видами тюленей: тюлень серый (тювяк), тюлень обыкновенный (нерпа), а также морская свинья обыкновенная, которая относиться к зубатым китообразным.
Акулы в Балтийском море представлены лишь вездесущими катранами - небольшой колючей акулой, которая для человека опасна только своими колючками на спинных плавниках. Но эти рыбы расселены не во всех районах моря - слишком опресненные и мелководные участки им не подходят для проживания.
Впрочем, в районе Датских проливов, соединяющих Балтику с Северным морем, иногда встречаются и другие хищницы - сельдевые акулы. У российских берегов Балтийского моря такие гости не зарегистрированы.