Разное логическое ударение и смысл разный:
Таким образом, неисправность ОБНАРУЖИТЬ НЕ УДАЛОСЬ. (Смысл - что не обнаружили неисправность).
ТАКИМ ОБРАЗОМ неисправность обнаружить не удалось.(Смысл - что именно таким способом неисправность не обнаружили).