Головной мозг делится на пять отделов: передний, промежуточный, средний, мозжечок, продолговатый.
Передний представлен большими полушариями Поверхность гладкая, Наблюдается архиппалиум, а также зачаток неопаллиума. Основная часть - полосатые тела.
Промежуточный мозг. На его крыше расположены эпифиз и теменной орган (рецептор сезонных изменений). Наблюдается гипофиз. На дне заметны зрительные нервы.
Мозжечок в отличии от амфибий - крупный.