По типу питания бактерии делятся на автотрофных и гетеротрофных.
Автотрофные бактерии - фотосинтезирующие - используют энергию Солнца (цианобактерии, пурпурные и зеленые). Другие автотрофы - хемосинтезирующие - используют энергию экзотермических реакций: нитрифицирующие (почвенные бактерии) окисляют соли аммония до нитратов; железобактерии - закисное железо в окисное; водородные бактерии окисляют молекулярный водород; серные - соединения серы до сульфатов.
Гетеротрофные бактерии используют для питания готовые органические вещества. Пищей сапробионтам служат органические вещества мертвых тел. Паразитические бактерии поселяются в живых организмах и питаются за их счет.