Считается словом без корня вы-ну-ть, где вы - приставка, ну - суффикс, ть - окончание.
Когда-то корень был, но в результате исторических преобразований утратился. Это слово появилось по аналогии с другими глаголоми, оканчивающимися на -нуть (например, двинуть), базой послужило "вынять" (это производное от "яти"=брать.