В позвоночнике четко выделяются шейный, грудной, поясничный, крестцовый и хвостовой отделы. В шейном отделе 8 ( у ящерицы) и более позвонков, а череп сочленяется с первым шейным позвонком при помощи одного мыщелка. Благодаря этому пресмыкающиеся могут поворачивать голову в разгые стороны.
У большинства пресмыкающихся ребра соединяются с грудиной - появляется грудная клетка, защищающая внутренние органы и имеет значение в дыхании. У черепах ребра срослись с панцирем, дыхание у них осуществляется поясом передних конечностей.
Тазовые кости у пресмыкающихся срослись с двумя позвонками, что укрепило пояс задних конечностей.