Запятые стоят в этом предложение по причине перечисления. Например: в лесу растут грибы, ягоды, деревья.
Синтаксический разбор: Он(подлежащие) смотрел(сказуемое) уши(второстепенный член предложения дополнение), горло(второстепенный член предложения (дополнение) и(союз) с(предлог) недоумением(сущ) покачал(сказуемое) головой(сущ) (простое, повествовательное, невосклицательное, распространённое).