Происхождение Байкала до сих пор вызывает научные споры. Возраст озера ученые традиционно определяют в 25 - 35 млн. лет. Этот факт также делает Байкал уникальным природным объектом, так как большинство озер, особенно ледникового происхождения, "живут" в среднем 10 -15 тыс. лет, а потом заполняются илистыми осадками и заболачиваются.
Однако существует также версия о молодости Байкала, выдвинутая доктором геолого-минералогических наук Александром Татариновым в 2009 году которая получила косвенные подтверждения во время второго этапа экспедиции "Миров" на Байкале. В частности, деятельность грязевых вулканов на не Байкала позволяет ученым предполагать, что современной береговой линии озера всего 8 тыс. лет, а глубоководной части - 150 тыс. лет
Несомненно лишь то, что озеро расположено в рифтовой впадине и по строению схоже ,например, с бассейном Мёртвого моря. Они исследователи объяснят образование Байкала его расположением в зоне трансформного разлома, другие предполагают наличие под Байкалом мантийного плюма, третьи объясняют образование впадины пассивным рифтингом в результате коллизии Евразии и Индостана. Как бы то ни было, преобразование Байкала продолжается до сих пор.