Различий довольно много, т.к. бактерии - прокариоты, а простейшие - эукариоты
у бактерий нет оформленного ядра
у бактерий нет мембранных органоидов (лизосомы, эпс, аппарат гольджи, митохондрии и др.)
у бактерий движение цитоплазмы отсутствует, т.к. нет цитоскелета, поэтому нет фагоцитоза
клеточная стенка бактерий содержит муреин, у большинства простейших клеточная стенка вообще отсутствует
у бактерий половое размножение обычно отсутствует, размножаются в основном делением пополам; простейшие же могут размножаться митозом, мейозом, половым размножением, простым делением
сами бактерии в 10 раз меньше простейших
Как-то так