16 мая 1703 г. Император Петр Великий заложил на небольшом Заячьем острове крепость, которую назвал в честь своего Небесного покровителя С.—Петербургом. Летом на болотистом острове был воздвигнут земляной вал, посредине которого вместе с другими зданиями также была построена церковь во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла. Именно первоверховные апостолы стали Небесными покровителями только что возникшего укрепления.
В 1714 году в день своего рождения и день памяти Исаакия Далматского Император в присутствии многих Высочайших Особ заложил каменный собор на том самом месте, где стояла деревянная церковь. Пока возводились каменные стены, церковь эта сохраняла свой прежний вид. Только алтарь ее был перенесен в стоявшее неподалеку деревянное здание, в котором с 1711 г. помещалась Канцелярия Правительствующего Сената.