Сходство -- Оба относятся к одному и тому же классу и семейству (Двудольные, Сложноцветные), одинаковые соцветия (корзинка), одинаковые плоды (семянка).
Различия -- мелколепестник двулетнее травенистое растение, а василек многолетнее. Так же они относятся к разным родам.