Двустворчатые играют важную роль в морских и пресноводных биоценозах как естественные очистители воды, являясь биофильтраторами. Они подлежат охране, их специально разводят в контейнерах и запускают в водоемы для очистки. Одна устрица за 1 час отфильтровывает 10 литров воды.
Некоторые брюхоногие (малый прудовик) служат промежуточными хозяевами паразитических плоских червей (печеночного сосальщика) .
Моллюски входят в различные цепи питания биоценозов.
Служат пищей животным: сухопутными моллюсками питаются жабры, кроты; водными - рыбы, морские звезды. Головоногие (кальмары, осьминоги, каракатицы) сами служат пищей для многих морских рыб, тюленей, кашалотов и других животных.