Слизистая оболочка тонкой кишки образует ворсинки - выросты, выступающие в просвет кишечника. На 1 мм2 поверхности приходится 20-40 кишечных ворсинок; в тощей кишке их больше и они длиннее, чем в подвздошной. Кишечные ворсинки покрыты каемчатыми эпителиоцитами, выросты их плазматической мембраны формируют множество микроворсинок, благодаря чему резко увеличивается всасывающая поверхность тонкой кишки. В собственной пластинке слизистой оболочки имеются трубчатые углубления - крипты, эпителий которых состоит из аргентаффиноцитов, бескаемчатых энтероцитов, бокаловидных и панетовских клеток, продуцирующих различные ингредиенты кишечного сока, в т. ч. слизь, а также интестинальные гормоны и другие биологически активные вещества.