Впервые в исторических документах Кишинёв упоминается 17 июля 1436 года в грамоте воевод Молдавии Ильи и Стефана Оанчя логофету, главе господарской канцелярии, в которой уточняются границы земли у реки Реут, жалованной ему за верную службу. Там же упоминается и Кишинёв: «…и на реке Бык, по ту сторону, в долине, спускающейся к Кешенэулуй луй Акбаш, у источника, где находится татарское селение возле лесочка…». На вершине этого холма ныне располагается Покровская (Мазаракиевская) церковь, а родник, возможно давший имя городу, — «фонтал» — использовался в качестве источника для питьевой воды до 1935 года.
По советской историографии населённый пункт на месте современного Кишинёва упоминается в 1466 году в жалованной грамоте молдавского господаря Штефана Великого своему дяде, боярину Влайкулу, на право владения селищем Кишинёв у колодца Албишоара. Более 100 лет потомки Влайкула владели этими местами.
В условиях османского ига, установившегося в Молдавии в середине XVI века, постоянных набегов турок и крымских татар, роста поборов экономическое развитие города шло замедленными темпами, а страна в XVII — начале XVIII веков переживала упадок. Вначале боярская вотчина, а затем с 1641 года — вотчина монастырей румынского города Яссы, Кишинёв неоднократно разрушался.
В старину вокруг Кишинёва размещались сёла Боюканы, Мунчешты, Вистерничены, Хруска, Вовинцены, постепенно присоединившиеся к городу. Во время русско-турецких войн город дважды, в 1739 и 1788 годах, сжигался отступающими турками.
В 1800—1810 гг. Кишинёв располагался примерно по периметру нынешних улиц Петру Рареш, Антон Панн, Армянская, Александру чел Бун (не достигая её) и реки Бык. Район современного железнодорожного вокзала, недалеко от которого находилась т. н. «Каушанская рогатка», находился в то время за пределами Кишинёва.
Сохранились два здания 18 века: Покровская (Мазаракиевская) церковь, построенная в 1752 году на деньги казначея (сердара) Василе Мазаракия, и Церковь святых Константина и Елены, построенная в 1777 году. Обе церкви построены в старомолдавском стиле — трехлепестковый план и так называемый «молдавский свод» — два яруса арок, поддерживающих барабан с куполом.
Возможно, также что болгарская церковь св. Георгия в 1818 году была перестроена на основе ранее существовавшей старой церкви того же имени.