С лечебной целью используются плоды, сок плодов и корни. Корни заготавливают осенью.
В корнях обнаружены алкалоиды: теглоидин, 3-тиглоплокситропан, кускгигрин, тропин, псевдотропин. Листья содержат каротиноиды: альфа-каротин, физоксантин, лютеин, бета-каротин, криптоксантин, зеаксантин, эфир зеаксантина, эфир лютеина; стероиды: ситостерин, кампестерин, стигмастерин, холестерин, изофукостерин; фенолкарбоновые кислоты и их производные: хлорогеновая; флавоноиды: лютеолин, 7-бета-Д-глюкозид лютеолина. В плодах обнаружены углеводы и родственные соединения: сахара, пектин; органические кислоты, каротиноиды: альфа-каротин, бета-каротин, ликопин, а в семенах - жирное масло (14,86%). Кроме того, в плодах обнаружены аскорбиновая кислота, дубильные вещества, макро- и микроэлементы, каротин.Плоды физалиса обыкновенного обладают противовоспалительным, антисептическим, болеутоляющим, кровоостанавливающим, мочегонным, желчегонным действием.