1. По типу нуклеиновой кислоты и количеству нитей (одна- или двухнитчатая)
2. По форме капсида и строения оболочки.
3. По форме вириона:
- сферические (вирусы кори, гриппа и др.)
- палочковидные (вирусы табачной мозаики)
- кубоидальные (аденовирусы, реовирусы, вирусы оспы и т.д.)
- сперматозоидные (некоторые бактериофаги)
4. В зависимости от поражаемой клетки-мишени.