Климат
Вся горная система находится в глубине материка, поэтому климат ее континентальный. Континентальность нарастает к востоку, а также по южным склонам гор. На наветренных склонах выпадают обильные осадки. Особенно много их на западных склонах Алтая (около 2000 мм в год). Поэтому его вершины покрыты снегами и ледниками, самыми крупными в Сибири. На восточных склонах гор, а также в горах Забайкалья количество осадков уменьшается до 300-500 мм в год. Еще меньше осадков в межгорных котловинах.
Зимой почти все горы Южной Сибири оказываются под воздействием Азиатского максимума атмосферного давления. Погода стоит безоблачная, солнечная, с низкими температурами. Особенно холодно бывает в межгорных котловинах, в которых застаивается тяжелый воздух, стекающий с гор. Температура зимой в котловинах опускается до -50…-60°С. На этом фоне особо выделяется Алтай. С запада сюда часто проникают циклоны, сопровождающиеся значительной облачностью и снегопадами. Облака защищают поверхность от выхолаживания. В результате алтайские зимы отличаются от других территорий Сибири большой мягкостью и обилием осадков. Лето на большей части гор короткое и прохладное. Однако в котловинах оно бывает обычно сухим и жарким со среднеиюльской температурой +20°С.
В целом горы Южной Сибири являются аккумулятором внутри засушливых континентальных равнин Евразии. Поэтому в них берут свое начало крупнейшие реки Сибири -- Иртыш, Бия и Катунь -- истоки Оби; Енисей, Лена, Витим, Шилка и Аргунь -- истоки Амура.
Стекающие с гор реки богаты гидроэнергией. Горные реки наполняют водой озера, находящиеся в глубоких котловинах, и прежде всего крупнейшие и красивейшие озера Сибири -- Байкал и Телецкое.
Различия в температурах и в степени увлажнения горных склонов находит прямое отражение в характере почвенно-растительного покрова гор, в проявлении высотной поясности. По склонам Алтая до высоты 500 м на севере и 1500 м на юге поднимаются степи. В прошлом ковыльные и разнотравные степи располагались и по днищу межгорных котловин. Ныне плодородные черноземы степных котловин почти полностью распаханы. Выше пояса степей на влажных западных склонах Алтая находятся елово-пихтовые леса с примесью кедра. В более сухих Саянах, Байкальских горах и в Забайкалье господствуют сосново-лиственничные леса. Под лесами сформировались горно-таежные мерзлотные почвы. Верхняя часть пояса лесов занята кедровым стлаником. В Забайкалье и на Алданском нагорье зона лесов почти полностью состоит из кустарниковых зарослей кедрового стланика. Выше лесов на Алтае находятся субальпийские и альпийские луга. В Саянах, наБайкальском и Алданском нагорьях, где значительно холоднее, верхние участки гор заняты горной тундрой с карликовой березой.