1.На столе лежат ДЕРЕВЯННЫЕ ЛОЖКИ---ложки--ИМ. падеж, значит и прилагательное во множ. числе тоже в Им. падеже.
2.Маша положила на стол ДЕРЕВЯННЫЕ ЛОЖКИ. В этом предложении "ложки" стоит в Вин. падеже, значит, прилагательное во множ. числе тоже в Вин. падеже.
Это словосочетание легко склоняется:
Р. п. деревянных ложек
Д. п. деревянным ложкам
Т. п. деревянными ложками
П. п. о деревянных ложках.