1. Прибывать. Смысл слова в приближении одного предмета к другому
(прибывать на вокзал, ...). Пребывать - смысл слова в нахождении (пребывании) человека в каком-то состоянии (1-е значение слова, например, "пребывать в унынии") или в нахождении где-то (2-е значение слова, например, "пребывать у власти").
2. Приходящий - смысл слова в приближении ("приходящий поезд").
Преходящий - временный, недолговечный.
3. Приступать - начало какого-то действия. Преступать - нарушать что-то, например, закон.
4. Приклонить - нагнуть, опустить вниз. Преклонить - тоже нагнуть, опустить вниз, но в меньшей степени, чем "приклонить".