Вообще буква ѣ (ять) пишется вместо "е" в некоторых словах исконно русского происхождения. И эти корни нужно было запоминать. А такие слова как металл, карета, сцена, театр - это не исконно русские слова, это заимствованные иностранные слова. Мне кажется, именно поэтому буква "ять" никогда не писалась в этих словах.