Запятая ставится на месте всех пропусков в предложениях: (c объяснением)
1) Ковалёв бодро и _ не уступая никому дорогу __ шагал по многолюдной улице.
2) Ему _ встревоженному и недоумевающему _ было трудно сейчас это объяснить.
3) Стройные амфоры_ то есть кувшинчики с высоким узким горлышком_ предназначались для хранения драгоценных душистых масел.
4) Стоявшие у края бассейна_ зрители радостно хлопали в ладоши.
5)Лиловая туча_ сверкая молниями_ и _ издавая рокот _ спешила на северо-восток.