Конечно во-первых это наличие костной ткани вместо хрящевой в скелете. Имеется плавательный пузырь, коего хрящевые лишены. Есть жаберные крышки, у хрящевых просто щели. Жабры в виде свободных лепестков, вместо приросших пластин. Тело покрыто костной чешуей - циклоидной или ктеноидной, иногда голое или покрыто костными пластинками, а не плакоидной чешуей.
Кроме того у ряда хрящевых есть особый отдел пищеварительной системы - спиральный клапан.