Для всех видов, встречающихся в почве характерно одноклеточность и микроскопические размеры. Встречаются так же нити или колонии. Клетки водорослей окружены клеточной стенкой, состоящей из целлюлозы. У одних водорослей стенки клеток покрыты толстым слоем органических веществ, у других пропитаны кремнезеном. В клетке имеется цитоплазма, одно или много ядер, вакуоли и хлоропласты- органы фотосинтеза. У водорослей хлоропласты бывают самой разнообразной формы и окраски, содержат пигмент хлорофилл. У этой группы размножение-вегетативное, беспол, половое.