Значения цветов флага и их расположения не были закреплены документально. Существуют различные неофициальные версии значений символики. По одной из них малиновый цвет символизировал казаков-черноморцев, потомков запорожцев, синий — казаков-линейцев, наследников донцов, зелёный — адыгов (либо мусульман). По другой малиновый цвет символизировал всех казаков Кубани, синий — инородное (неказачье) население, зелёный — адыгов (либо мусульман).
Расположение цветов тоже несет в себе символизм. По одной из версий, малиновая полоса в центре (ствол)символизировала основное население Кубани — всех казаков Кубани, зелёная снизу («корень») символизировала «изначальное» население Кубани — адыгов, синяя сверху («ветви») символизировала остальное население Кубани. Всё вместе являлось единым целым — «народом Кубани», образующим кубанское государство.