В экваториальной зоне Индийского океана круглый год температура поверхностных вод около 28 °C как в западной, так и восточной частях океана. В Красном и Аравийском морях зимняя температура снижается до 20—25 °C, но летом в Красном море устанавливаются максимальные температуры для всего Индийского океана — до 30—31 °C. Высокие зимние температуры воды (до 29 °C) характерны для берегов северо-западной Австралии. В южном полушарии в тех же широтах в восточной части океана температура воды зимой и летом на 1—2° ниже, чем в западной. Температура воды ниже 0 °C в летнее время отмечается к югу от 60° ю. ш.