В инвентарных описях «Рождение Венеры» значилось как «Венера в море, стоящая на раковине». Картине очень повредило то, что её некогда укоротили примерно на полметра по вертикали и на четверть метра по горизонтали, особенно много убрав сверху и слева. Если мы мысленно дополним утраченные полосы холста, получим такое соотношение фигур и окружающего пространства, как если бы мы отошли на пару шагов и увидели зрелище, отличающееся от нынешнего, прежде всего, обилием воздуха над Венерой и позади летящих Зефира и его супруги Флоры. Отделившись от краев картины, они окажутся в свободном полете, а роща, вместо того чтобы низко сгибаться над Весной, поднимет в радостном приветствии свои стройные стволы. Фигуры приобретают поистине кватрочентистское изящество, и картина станет несколько плоской, что можно не сомневаться: причиной её безжалостного купирования было желание придать ей монументальность и пространственную глубину. Ведь фигуры переднего плана, не вмещающиеся в раму, непременно тяжелеют и отталкивают фон вглубь.
Вопреки возникающему нынче впечатлению, будто Венера заключена в арку, образованную более или менее симметричными массами по сторонам, Сандро не намеревался придавать «истории» такую напыщенность. Ось симметрии, проходящая нынче через кончик большого пальца стопы богини, прежде совпадала с тем местом, где её острая пята упирается в бугорок раковины. Вся её фигура оказывалась заметно правее этой оси, и зритель видел, что богиня скользит не на него, а вправо, к берегу. Вместо нынешнего эффекта присутствия как бы на расстоянии вытянутой руки и связанного с этим ощущения чуть ли не принудительного участия в мифическом действе Сандро предлагал зрителю беззаботно любоваться зрелищем, отстраненным и замкнутом в его гармонической завершенности. В изображении дующего Зефира, развевающихся волос и движения, выражается жизнь и энергия, тем самым Боттичелли следовал посылкам, изложенным в работах теоретика искусства эпохи Возрождения Леона Баттисты Альберти. Также Боттичелли, опирался на «Трактат о живописи» Ченнино Ченнини, описывающий среди прочего технику дробления лазурита для получения синей краски (васильки на платье Грации) и принцип нанесения тончайшего листового золота (пурпурная накидка Венеры). Среди новшеств Боттичелли важным было использование холста, а не доски, для произведения столь крупного размера. Он добавлял минимальное количество жира к пигментам, благодаря чему холст в течение долгого времени оставался прочным и эластичным, а краска не трескалась. Интересно и то, что вся композиционная схема, согласно анализу Гомбриха, восходит к традиционной схеме “Крещения” (к схеме «Коронование мадонны» [3]. Этот принцип композиции и образности не является смешением античности и средневековья, как думали в конце 19 века, а созданием нового символического языка, включающего в себя переосмысленную античность и средневековье, опыт создания «исторической картины», а не просто «истории», в смысле Альберти. Рождение Венеры из воды легко сопоставляется с идеей «возрождения души в водах крещения», и, согласно Пико делла Мирандола, библейское выражение «дух божий носился над водами» соотносимо с дыханием Эроса или Зефирами у Боттичелли, которые движут и вдохновляют к жизни только что рожденную Венеру. Давно уже было замечено, что хрупкая Венера Боттичелли мало напоминает классический прототип, но зато очень близка образам его скорбных мадонн. На картине Боттичелли запечатлен тот момент, те часы полуночные, когда еще «...не властен свет», но уже «расточилась тьма». [1]. Предрассветное утро, легкой рябью подернуто пустынное море.