В зависимости от технологии файловой структуры, способы могут варироваться.
Наиболее общее это - программа (например Word) создает документ определенного формата (docs) создается под определенный формат программирования. После сохранения в ручную в файл добавятся новые строки с кодом, хранящие в себе определенные форматы информации (графики, таблицы, изображения...) таким образом информацию можно прочесть используется определенный код для дешифрофки и преобразования в понятный человеку формат.