Родился Никита в дворянской семье в Петербурге. Первое образование в биографии Н. Муравьева было получено дома. Затем же он поступил в Московский университет, после окончания которого стал работать регистратором в Департаменте Министерства юстиции.
1812 год в биографии Н.М. Муравьёва обозначен вступлением в армию. Уже в 1813 году он стал прапорщиком. Никита Муравьев принимал участие в сражениях под Дрезденом, Гамбургом, сражался против Наполеона. С 1817 года был масоном, входил в состав ложи «Трех добродетелей». В 1820 году уволился в отставку по прошению, затем стал служить в Гвардейском генеральном штабе.
Муравьев содействовал образованию Союза спасения, Союза благоденствия. Будучи рьяным активистом, на одном из собраний в 1820 году высказал идею установления республиканской формы правления путем проведения вооруженного восстания.
В 1821 году для Н.М. Муравьева в биографии произошло еще одно важное событие – им было организовано Северное общество. В том же году активист разработал свою версию Конституции, однако после критики однодумцев исправил некоторые пункты.
Несмотря на то, что в декабре 1825 года Муравьев уехал из Петербурга, 20 декабря был арестован, поскольку считался причастным к работе тайного общества. 26 декабря помещен в Петропавловскую крепость, осужден на 20 лет каторжных работ. Однако позже срок изменили, укоротив до 15 лет. В декабре 1826 года Муравьев прибыл в Сибирь. Жена Никиты, Александра Чернышева, поехала вместе с мужем. В 1836 году прибыл в Иркутск, умер там же, в Иркутской губернии в 1843 году.