Причины поражения восстания, кроме его слабой организованности, недостаточности и устарелости вооружения, отсутствия ясных целей и конструктивной программы восстания, таились в его разбойном характере, жестокость восставших вызывала негодование в обществе. Пугачеву было суждено потерпеть поражение и потому, что государственный механизм работал достаточно слаженно, и Екатерине II удалось быстро мобилизовать необходимые ресурсы для подавления восстания.
Крестьянская война не привела к каким-либо изменениям социального положения крестьянства, не облегчила его жизнь. Напротив, свои выводы сделало правительство: в 1775 в стране была проведена новая губернская реформа, увеличившая количество губерний. Автономия казачьих войск была ликвидирована раз и навсегда. Вместе с тем по отношению к Уральскому войску делаются экономические послабления. Река Яик переименована в Урал.
Восстание Пугачёва нанесло огромный ущерб металлургии Урала. К восстанию полностью присоединились 64 из 129 существовавших на Урале заводов, численность приписанных к ним крестьян составляло 40 тысяч человек. И хотя заводы удалось быстро восстановить, восстание заставило пойти на уступки по отношению к заводским работникам.
19 мая 1779 г. был издан манифест об общих правилах использования приписных крестьян на казенных и партикулярных предприятиях, который несколько ограничивал заводчиков в использовании приписанных к заводам крестьян, ограничивал рабочий день и увеличивал оплату труда.
Страх новой «пугачевщины» заставил образованное общество обсуждать пути решения «крестьянского вопроса», что подтолкнуло дворянство впоследствии смягчить, а затем и отменить крепостное право в 1861.