Кризис возник в обстановке конфронтации из-за строительства Берлинской стены. Непосредственной причиной кризиса явилось тайное размещение на Кубе советских ракет с ядерными боеголовками. Операция проводилась скрытно, по личному указанию Н. С. Хрущева и с согласия Ф. Кастро. Хрущев, вероятно, желал таким образом уравновесить ядерное превосходство США, как численное , так и тактическое . Важную роль играло стремление советского лидера защитить от возможного американского нападения Кубу, в апреле 1961 отразившую высадку десанта на Плайя - Хирон. Очевидно, этот рискованный шаг во многом объясняется импульсивным и непредсказуемым характером Н. С. Хрущева, его декларируемым стремлением к соревнованию с США, готовностью пренебречь безопасностью своего и чужого народов ради «торжества социализма» в Западном полушарии. Решение о размещении ракет было принято летом 1962 во время визита на Кубу советской делегации, в состав которой входил под вымышленной фамилией маршал С. С. Бирюзов. Наличие ракет, категорически отрицавшееся Хрущевым в сентябрьском личном послании Кеннеди и А. А. Громыко при аудиенции у Кеннеди 18 октября, было неопровержимо установлено разведывательными органами США с помощью аэрофотосъемки. 22 октября президент Кеннеди выступил по телевидению и объявил о начале военно-морской блокады Кубы, куда отныне не допускались советские корабли. В Совете Безопасности ООН, в который обратились с запросами СССР, Куба и США, были проведены слушания. 23 октября Советское правительство выступило с заявлением, осуждающим действия США как агрессивные. Обе стороны обсуждали варианты нападения. Однако президент Кеннеди не пошел на поводу у амбиций военных и взял на себя инициативу в личных переговорах с Н. С. Хрущевым по прямой телефонной связи между Москвой и Вашингтоном.
Уже 28 октября Хрущев в послании к Кеннеди, «чтобы успокоить американский народ», заявил о демонтаже ракет, не называя их прямо . По результатам проведенных негласно личных переговоров между лидерами, Соединенные Штаты согласились на демонтаж своих установок в Турции, а также отказались официально от каких-либо попыток сменить вооруженным путем режим Ф. Кастро.