Территория современной Республики Македония была населена вплоть до неолита. В то же время, географическое положение благоприятствовало поселению людей, поскольку в регионе было множество рек с плодородными долинами и озёр. Долины рек Вардар, Струмица и Струма стали важными направлениями расселения людей.
Македония сыграла важную роль в торговом обмене между областями Эгейского моря, Анатолии и Центральной Европы. Основная трасса, вдоль реки Вардар, прерывалась двумя естественными препятствиями: горловинами Таор и Демир[1].
Первые обитатели Македонии вели оседлый образ жизни, были земледельцами, изготавливали керамику. Наиболее ранним ярхеологическим памятником является Вршник близ деревни Царинци в округе Штип, где люди поселились около 7000 г. до н. э.[2] Здесь обнаружены следы земледелия, а также полированные топоры и керамические сосуды. Это поселение, наряду с соседним Анзабегово, дали совместно имя археологической культуре Анзабегово-Вршник, варианту Старчево-Кришской культуры), которая существовала около 5300 — 4200 гг. до н. э.[3].
На равнине Пелагония на юго-западе страны также открыто несколько поселений. Они относились к Велуша-Породинской культуре, также вариант Старчево-Кришской культуры), представленной находками каменных и костяных орудий, а также орнаментированной керамики, нередко ритуального характера. Аналогичные поселения существовали в окрестностях города Охрид. Эта культура возникла около 5500 г. до н. э.[4]. Археологический памятник Тумба-Маджари близ Скопье, наиболее важный на Вардарском плато, принадлежал в разные времена двум разным культурам. Здесь были найдены зооморфные и антропоморфные фигуры, а также жертвенники. Место было населено в период 6000 — 4300 гг. до н. э., а свой апогей пережило около 5800 — 5200 гг. до н. э.[5].
Указанные две культуры, Анзабегово-Вршник и Велуша-Породин, отличаются от других археологических групп юго-восточной Европы главным образом использованием белой краски на своей керамике. Нередко заметны следы внешних влияния, например, из Фракии в Вршнике.
В регионе Скопье поддерживались тесные связи с культурами на территории современной Сербии: Старчевской, Винча и Лепенского Вира[4]. В целом археологически территория Македонии отличается находками, которые отсутствуют в других регионах: статуэтки Великой Матери, женские фигурки, нередко с украшениями и роскошными причёсками, установленными на крышу небольшого дома. Артефакты такого рода встречаются главным образом на местах жилищ и, видимо, были предметами культа плодородия и защитницами входа[3].