Булгаков много внимания уделяет взаимоотношениям профессора и его близких с новой властью. Причём, подаёт это достаточно однозначно - как натиск хитрых, наглых, но тупых Швондера и его команды на умного, образованного и интеллигентного Преображенского. В этом смысле - да, происходит борьба добра со злом (Преображенский пытается противостоять доступными средствами). Но главное сюжетное ядро - это история превращения пса в человека. Природа шире, чем вопрос борьбы добра со злом (например, сова охотится на мышь: для мыши это зло, для совы - добро).