Многообразием животного мира Алтайский край обязан наличию степей, лесов и высотных поясов. Здесь встречаются обитатели западносибирской тайги: лось, бурый медведь, росомаха; представители лесов Западной Сибири: кабарга, марал, глухарь, каменная куропатка; животные монгольских степей: тушканчик, сурок-тарбаган. Около 90 видов млекопитающих, более 250 видов птиц проживает на Алтае. Некоторые из них (кот манул, хорь перевязка, журавль красавка и д. ) занесены в Красную книгу.
Отличительной особенностью животного мира Алтая является формирование эндемических видов. Типичный эндемик — алтайский крот, он широко распространен и встречается как на равнине, так и в горах. Среди птиц к эндемикам относятся горная индейка, алтайский сарыч, тундровая куропатка.
В таежных массивах повсеместно встречаются бурый медведь и лось. Медведь — всеядный хищник, питающийся мышами, птицей, рыбой, ягодами и грибами, в течение лета кочует из лесов до субальпийских лугов, где его привлекает обилие трав и растений с вкусными целебными корнями. А к осени возвращается обратно в тайгу к ягодам и орехам. Сезонные переходы из одной зоны в другую совершают и копытные животные. Лось, косуля, марал, кабарга кочуют из тайги в луга и обратно. Маралы — олени, рога которых по весне содержат ценное вещество пантокрин, уже много лет разводят на мараловодческих фермах в горно-лесных районах края. Все попытки развести маралов в других горных районах России пока не дали хороших результатов. В лесах Алтая встречаются рысь, барсук, росомаха, горностай, бурундук, белка. Наиболее ценным пушным зверем тайги является соболь. Этот небольшой хищник облюбовал для себя наиболее глухие буреломные места, устраивая гнезда в дуплах старых деревьев. Другой ценный пушной зверь — лиса. Обитает на равнинной местности. Здесь повсеместно водятся грызуны: хомяки, суслики различных видов, сурки, в засушливых районах степи встречаются тушканчики. Зайцы — русак и беляк — живут в степи и в лесных районах края. Там же можно встретить волка. Практически все лесостепные районы, где есть водоемы, являются местом обитания ондатры. Завезенный в двадцатые годы из Северной Америки грызун, имеющий промысловую ценность, успешно акклиматизировался на алтайских землях. А в боровых реках и водоемах Салаира водятся бобры, ареал которых с каждым годом увеличивается.
Птицы, наиболее часто встречающиеся в лесной зоне края — сова, филин, ястреб. Промысловые виды представляют тетерева, рябчики, куропатки, глухари. Для жизни в лесах хорошо приспособлены кедровки и сойки, клесты, мелкие певчие птички.