Окунь имеет сжатое с боков тело, которое покрыто плотной мелкой ктеноидной чешуёй. Тело окуня имеет зеленовато-жёлтую окраску с чёрными поперечными полосами на боках, которых может быть от 5 до 9; брюхо окуня белое. У окуня два спинных плавника, расположенных очень близко друг к другу, при этом первый спинной плавник выше и длиннее второго. Первый спинной плавник начинается над основанием грудных плавников или немного перед ними. На конце первого спинного плавника располагается чёрное пятно, что является отличительным признаком вида. Грудные плавники немного короче брюшных. Первый спинной плавник серого цвета, второй спинной — зеленовато-жёлтого, анальный и грудные плавники — жёлтые, иногда красные, брюшные плавники — светлые с ярко-красной каймой. Хвостовой плавник тёмного цвета у основания и красного по бокам и у окончания. В первом спинном плавнике у окуня от 12 до 16 колючих лучей, во втором — 12—17 мягких, в анальном — 7—11 лучей. Наивысшую длину из колючек первого спинного плавника имеет четвёртая, длина первой равна — длины второй и — длины четвёртой[49]. Первая колючка анального плавника немного короче второй.
Скелет головы окуня
Чешуя окуня
У окуня тупое рыло, имеется небольшой горб за головой. Верхняячелюсть обычно оканчивается на вертикали середины глаза.Радужная оболочка глаза имеет жёлтый цвет. Крышечная кость вверху покрыта чешуёй, на ней расположен шип (иногда двойной), предкрышка зазубрена. У окуня есть щетинковидные зубы, расположенные рядами на челюстях и нёбных костях; клыков у окуня нет. Жаберные перепонки не сращены между собой.
В боковой линии окуня насчитывается от 53 до 77 чешуек. Выше боковой линии находится 7—10 рядов чешуи, ниже — от 12 до 21. Щёки полностью покрыты чешуёй, на хвостовом плавнике чешуек нет. У мальков окуня нежная чешуя, но с возрастом она становится чрезвычайно крепкой и твёрдой. Число позвонков 38—44.Жаберных тычинок 16—29.
В начале кишечника у окуня размещаются три слепых отростка (пилорические придатки), кишечник у окуня довольно короткий, его длина примерно равна длине тела. Печень делится на две части. Желчный пузырьдостаточно велик, селезёнка имеет продолговатую форму.
Окраска окуня может меняться в зависимости от водоёма, например, в торфяных озёрах он приобретает более тёмную окраску. Чёрные окуни встречаются также в Ладожском озере. Советский ихтиолог А. В. Неелов упоминает об окуне серого цвета с синеватым отливом, полностью лишённом красно-жёлтого окраса.
Внешне самцы речного окуня почти не отличаются от самок за исключением преднерестового периода, когда брюшко самок окуня наполнено икрой. Российский ихтиолог Д. Ю. Семёнов на основе исследования окуней изКуйбышевского водохранилища выделил следующие незначительные отличия самцов окуней от самок:
большее количество чешуй в боковой линиибольшее число колючих лучей во втором спинном плавникеболее крупный глазболее длинное основание анального плавника.