В общем ряду реформ 60-80-х годов существенное место занимали школьные и университетские реформы, а также реформа цензуры. Развитие капитализма требовало отмены сословных ограничений для разночинной интеллигенции, наиболее зажиточной части крестьян и квалифицированных рабочих. Развивавшаяся промышленность нуждалась в массовой квалифицированной рабочей силе, что требовало решительного расширения начального образования. Все это и обусловило реформы системы просвещения. В 1863 г. был утвержден новый университетский устав, который ввел автономию университетов. Ректоры стали избираться советами университетов, а деканы - советами факультетов. Советы избирали на должности (по конкурсу) профессоров и преподавателей. Однако министру народного просвещения принадлежало право утверждения в должности избранных советами лиц, а попечитель учебного округа осуществлял контроль за деятельностью университетов и имел право отменять решения их советов. В 1869 г. были открыты высшие женские курсы университетского типа в Петербурге (высшие Бестужевские курсы), а затем в Москве, Киеве и Казани. Начали работать врачебные женские курсы. В 1864 г. был утвержден новый Устав гимназий и прогимназий (дававших неполное среднее образование), вводивший в средней школе всесословный принцип обучения, открыты были и женские гимназии. В том же 1864 г. утверждено Положение о начальных народных училищах. Народные училища открывались как Министерством просвещения, так и земствами, и частными лицами, однако под контролем Государственных чиновников, для чего в каждой губернии учреждались должности директора и инспекторов народных училищ. Программы обучения утверждались Министерством и контролировались уездными и губернскими училищными советами.
Либерализация идеологического контроля в системе образования была дополнена некоторой либерализацией цензуры. Новые Временные правила о цензуре, принятые 6 апреля 1865 г., отменяли предварительную цензуру на книги объемом более 10 печатных листов, хотя для массовой литературы (книг, брошюр менее 10 листов) предварительная цензура сохранялась. Периодическая печать (газеты, журналы) с разрешения министра внутренних дел освобождалась от предварительной цензуры, но за опубликование чего-либо преступного,с точки зрения правительства, авторы и издатели могли быть привлечены к судебной ответственности, а при обнаружении “вредного направления” - подлежали административной ответственности (предостережению, штрафу). Половинчатый характер цензурной реформы усугублялся тем, что цензура с 1863 г. была передана из Министерства народного просвещения в Министерство внутренних дел, в составе которого было создано Главное управление по делам печати.