Цвета флага края официально никакой символичной нагрузки в себе не несут, за исключением того, что повторяют цвета флага Кубанской Народной Республики, считающегося национальным флагом Кубанских казаков.
Значения цветов флага Кубанской Республики и их расположения не были закреплены документально. Однако существуют различные неофициальные версии значений символики кубанского флага. По одной из них малиновый цвет символизировал казаков-черноморцев, потомков запорожцев, синий — казаков-линейцев, наследников донцов, зелёный — адыгов (либо всех горцев-мусульман) . По другой малиновый цвет символизировал всех казаков Кубани, потомков как запорожцев, так и донцов, синий — иногороднее (неказачье) население («гамселов») , зелёный — адыгов (либо всех горцев-мусульман) .
Расположение цветов, по неофициальным данным, тоже несло в себе символизм. По одной из версий, малиновая полоса в центре («ствол» ) символизировала «центральное» , государствообразующее население Кубани — казаков-черноморцев (либо всех казаков Кубани) , зелёная снизу («корень» ) символизировала «изначальное» , автохтонное население Кубани — адыгов, синяя сверху («ветви» ) символизировала «позднейшее» (полярное «изначальному» ) остальное население Кубани, формировавшееся на «корневой» и «стволовой» базе. Всё вместе являлось единым целым — «народом Кубани» , образующим кубанское государство