Большую роль водоросли играют в цепи питания водных животных: они служат пищей для многочисленных микроскопических рачков, которыми в свою очередь питаются мальки рыб.
Некоторые водоросли с большим успехом используются для очистки сточных вод в отстойниках различных промышленных предприятий.
Некоторые водоросли используются в пищу, особенно при лечебном питании. Съедобные виды: ульва («морской салат»), ламинария («морская капуста»), порфира и некоторые другие. Чаще водоросли используются для производства пищевых добавок, сбалансированных по элементному составу. В прибрежных районах водоросли используются как удобрение, идут на корм скоту. Бурые и красные водоросли используются как техническое сырье для получения агар-агара, клеящих веществ.
Некоторые водоросли (пирофитовые) сохранили примитивные черты, объединяющие их с животными. Красные водоросли обнаруживают тесное сходство с грибами. Эвгленовые водросли обладают чертами и растений, и грибов, и животных. Считается, что зеленые водоросли (или подобные им организмы) являются предками высших растений.