Обстановка в Центральной Азии. В начале XVI века еще более усилилась феодальная раздробленность не только в Восточном Туркестане, но и в Центральной Азии. После смерти Шейбани-хана Узбекское ханство распалось на два - Бухарское и Хивинское ханства. Позднее этот процесс охватил и другие феодальные владения. Разрозненные и ослабевшие, государства Центральной Азии и Восточного Туркестана не могли уже защитить свои границы, что усилило угрозу нападения со стороны соседей.
Как и у других кочевых народов, материальные и военно-экономические ресурсы кыргызов были невелики, однако наблюдались заметные улучшения в экономике и культуре. Безусловно, этому способствовало то обстоятельство, что и до образования ханства кыргызы имели самостоятельную государственность.
В кыргызском обществе в этот период активно шел процесс феодализации. Возросли политическая активность, экономическая мощь родоплеменной аристократии — биев. Усилилась эксплуатация народных масс, все больше попадавших в зависимость и подчинение к феодалам. В условиях господства патриархально-феодальных отношений эта зависимость у кыргызов, в отличие от западноевропейских стран, приобрела свою особую форму.
Активизировалась и политическая роль кыргызов на Тянь-Шане. Был положен конец действовавшему закону, по которому власть передавалась только потомкам Чингис-хана — чингизидам. Теперь кыргызы могли возводить на престол эмиров из своего народа. В начале XVI века они объявили своим правителем Мухаммеда Кыргыза.
Борьба за независимость. Мухаммед начал борьбу за полное освобождение Кыргызстана от власти могольских ханов. Воспользовавшись обострившимися раздорами между претендентами за господство в Моголистане, Мухаммед активно вмешивался в дела Восточного Туркестана. Он поддерживал одного из них - Султан-Саида. В 1514 году Сул тан-Саид при значительной помощи военных сил Мухаммеда завоевал города Кашгар, Яркенд и Хотан. За короткий промежуток времени его власть распространилась на весь Восточный Туркестан, а границы его владений расширились — они простирались от местности Кучу-Ак-Суу до подножия гор Куэн- Лунь и Нань-Шань на границе с Китаем.
Однако вскоре коварный правитель Моголистана обратил свои войска против недавних союзников - кыргызов. Их богатая привольными пастбищами земля была для него лакомым кусочком. В 1517 году Султан-Саид, обвинив кыргызов в неуважении к исламу и в разграблении мусульманских городов, нарушил договор о союзничестве и во главе сильной армии неожиданно вторгся во владения кыргызов.
Пленение Мухаммеда. Мухаммед спешно собрал войска и встретил бывшего союзника на берегу Иссык-Куля, в местности Барскоон, где находилась его ставка. Вооружением и организованностью его войско не уступало моголам, но противник имел численное преимущество. Мухаммед предпринял попытку договориться с казахами о совместной борьбе против могольских ханов, однако она не увенчалась успехом.
Кыргызы потерпели поражение в битве. Часть войска попала в плен, другая часть отступила. Мухаммеда схватили и посадили в Кашгарский зиндан.
Могольский хан был уверен, что эта победа позволит ему спокойно господствовать в Кыргызстане, но жизнь распорядилась по-своему. Власть ханского наместника была непрочной. Кыргызы, несмотря на поражение, не желали мириться с создавшимся положением. Они прилагали все усилия для создания военного союза с казахами, чтобы нанести удар по моголам. Тогда правитель Моголистана решил использовать Мухаммеда для осуществления своих планов. В 1522 году Султан-Саид освободил его из заточения и, заручившись согласием, направил в качестве ханского наместника в Кыргызстан. Вместе с ним на Тянь-Шань он послал своего сына Рашида, который и должен был стать там настоящим правителем. Одновременно Султан-Саид переселил в Кыргызстан значительную группу могольских феодалов: они должны были охранять Рашида и составить ядро воинских соединений моголов.
Казалось, все шло по плану. Все племена правого и левого крыла кыргызов признали власть Мухаммеда. Однако на деле Мухаммед не выполнял распоряжений Рашида. Он тайно искал пути сближения с казахами и узбеками с целью изгнания Рашида, освобождения от власти моголов.
В 1524 году Мухаммед заключил союз с казахским султаном Тахиром. Однако в решающий момент султан Тахир не оказал поддержки Мухаммеду. Могольский хан узнал о переговорах между кыргызами и казахами. Мухаммеда вновь схватили и отправили в Кашгар, где он просидел в заточении до смерти Султан-Саида в 1533 году.
После того как Султан-Саид схватил Мухаммеда, кыргызы совсем перестали признавать власть Рашида и заключили прочный военно-политический союз с казахами Семиречья. В 1525 году могольский хан вынужден был ввести войска в Кыргызстан, чтобы укрепить положение Рашида.