Споры образуются в спороносных колосках. Спороносные колоски располагаются на верхушке вегетативного побега. Колосок состоит из оси, на которой располагаются спорофиллы (спороносные листья). На верхней стороне спороносного листа формируются спорангии, в которых созревают споры. Споры высыпаются и прорастают в заросток (гаметофит). У большинства плаунов гаметофит бесцветный, развивается под землей только при наличии гифов грибов, которые образуют с ним симбиоз. На заростке образуются архегонии и антеридии. После оплодотворения образуется зигота, из нее — новое растение.