Площадь озера без островов составляет 9690 км², а с островами — 9720 км²; длина с юга на север — 245 км, наибольшая ширина — 91,6 км. Средняя глубина — 30 м.
В Онежское озеро впадают около 50 рек, а вытекает только одна — Свирь. То есть озеро сточное. Северные берега скалистые, сильно изрезанные, южные — преимущественно низкие, нерасчленённые