После смерти Ивана Грозного (1584 г.), русский престол занял его сын Федор (1584-1598 гг.). Царь Фёдор был физически нездоровым человеком и всё время проводил в чтении церковных книг, молитвах и поездках по монастырям. Управление страной он доверил брату своей жены Ворису Годунову. В. Годунов был талантливым и энергичным деятелем, проводил осторожную и разумную политику: возрождал экономику страны, укреплял границы.
Он отвоевал у Швеции устье Невы, утерянное после Ливонской войны. В 1592 г. отразил последний набег крымского хана Казы - Гирея на Москву.
Но самым крупным успехом дипломатических способностей В. Годунова было возведение московского митрополита Иова в сан патриарха (патриарх - родоначальник, высший духовный сан в Православной Церкви). Со времён принятия православия в 988 г. Русская Православная Церковь была митрополией (отделением) Вселенской Константинопольской патриархии. После падения Константинополя в 1453 г., т.е. почти полтора века как Русская Церковь была фактически автокефальной (самоуправляемой). Возведение русского митрополита в сан патриарха повышало престиж Русской Церкви во всём православном мире, а Москва - столица самого крупного православного государства - становилась одним из столпов православия в мире.
Но в 90-е годы произошла одна трагедия, которая в дальнейшем отразилась как на политической судьбе В. Годунова, так и страны в целом. В Угличе (1591 г.) при невыясненных обстоятельствах погиб девятилетний и последний сын Ивана Грозного царевич Дмитрий. В последствии, после смерти в 1598 г. бездетного царя Федора Иоанновича прямая династия Рюриковичей, правившая Русью с 862 г. прервалась. Патриарх Иов предложил избрать новым правителем России В. Годунова, как человека, который уже положительно зарекомендовал себя в качестве государственного деятеля. Годунов, зная, что род Рюриковичей был очень многочислен, особым авторитетом пользовались родовитые семьи Шуйских, Мстиславских, Голицыных и др., наотрез отказался от этой идеи. Тогда был собран Земский собор на котором царём был избран Б. Годунов. Так он стал первым царем, избранным Земским собором.
Годуновы, происходили из незнатных костромских бояр, находившиеся в услужении у бояр московских, которые были в очень тесном родстве с Рюриковичами. Они считали, что у них больше прав на русский престол, чем у выскочки Годунова. Поэтому за новым царём сразу закрепилось название «безродного» царя, и он получил оппозицию в лице мощного московского боярства. Положение Годунова на престоле было очень непрочным.
Однако, самостоятельное его правление в первые годы было многообещающим.
Свою главную задачу он видел в преодолении хозяйственной разрухи. Для этого:
• в интересах дворян - помещиков издал указы о прикреплении крестьян к земле. В 1592 г. было закончено составление писцовых книг, куда вносились имена крестьян, горожан. В 1597 г. Б. Годунов ввёл пятилетний срок сыска беглых крестьян;
• для помещичьих крестьян были определены нормы податей и повинностей;
• жители наиболее бедных областей были освобождены от повинностей.
Однако эти и другие меры не встретили понимания в народе. По инициативе бояр распространялись слухи о недобрых делах Бориса, что страну ожидает большая беда.
Кроме того, на это время пришлись невиданные стихийные бедствия: в 1601 г. три месяца весной шли проливные дожди, потом ударили морозы. Все посевы погибли. В 1603 г. в стране возникла угроза голода. Б. Годунов быстро предпринял самые энергичные меры: были установлены твёрдые цены на хлеб, в Москве была организована и бесплатная раздача хлеба. Но чиновники шли на различные махинации, в том числе и заранее посылали в дома, назначенные для раздачи хлеба, своих родственников, которые забирали весь хлеб, вызывая гнев у простых людей.