Один из крупнейших заповедников России, учрежден в 1982 г. для сохранения и изучения эталонных природных комплексов Северо-Восточной Азии. Единственный заповедник на обширной территории от р. Лены до Камчатки, где еще встречаются нетронутые таежные, лесотундровые и горные тундровые ландшафты. Ольский и Ямской участки заповедника — единственные заповедные приморские территории на громадном протяжении Охотского побережья от р. Улья в Хабаровском крае до мыса Лопатка на Камчатке.
На заповедном участке в пойме р. Яме сохранился уникальный реликтовый массив ели сибирской, удаленный от основных мест ее произрастания на 700 км. Колонии морских птиц Ямских островов — крупнейшие в России и северной части Тихого океана. На заповедном о. Матыкиль находится самое северное в Охотском море репродуктивное лежбище сивучей, охраняемых на международном уровне.
Ледниковые формы рельефа п-ова Кони внесены в Реестр всемирного геологического наследия.
Заповедник находится на территории Ольского и Среднеканского районов, в юго-восточной части Магаданской области.