Лен это однолетнее растение высотой до 150 см со стержневым, слегка ветвистым корнем. Стебли растение лен имеет одиночные, прямые, тонкие, ветвящиеся. Листья у растения лен очередные, сидячие, до 4,5 см длины, линейно-ланцетные, заостренные. Цветки растение лен имеет голубые, реже белого или розового цвета, до 3 см в диаметре, на длинных цветоножках. Плоды у лекарственного растения лен почти шаровидные, пятигнездные коробочки, до 8 мм длины, с 10 блестящими семенами. Семена до 6 мм длины, плоские, темно-коричневые до бледно-желтых.