Почва и грунт выступают в роли дренажа (фильтра). Грунтовая вода протекая через них очищается. В озёрах и водоёмах оседает листва, растения образуя ил на дне, что является питательной средой для бактерий, благоприятной для их размножения. Влияет так же температура воды. В грунтовых водах она ниже, чем в застойной воде водоёмов. А тёплая вода это один из факторов благоприятной среды для размножения бактерий.