Острова различаются своей геологической структурой. Так, значительные части западной группы островов (восточная Суматра, западный и центральный Калимантан, острова Банка и Белитунг) вместе с мелководными Южно-Китайским и Яванским морями приурочены к Зондской платформе. В прошлом это был массив суши, который соединялся с материковой Юго-Восточной Азией. В результате опускания суши образовались моря, проливы и острова.