Все организмы в равной степени рассредоточены по всей нашей планете и проживают в различных средах обитания. Всего у нас 3 среды обитания - это вода, земля и воздух. Как правило, типичные водные или воздушные представители обладают своими особенностями - крылья, плавники, перья, шерсть и тд, что и обеспечило видовое разнообразие животного мира.
Во-вторых, это, наверное, ведущий фактор - наличие такого процесса, как кроссинговер, проходит он при мейотическом делении клеток с последующим обменом участков хромосом с образованием новых признаков, а соответственно, организма, ничем не похожего на остальных.
Ну, и старая добрая эволюция, которое обеспечило нашей природе такое многообразие живых организмов. Распространение, миграция различных видов, их смешивание и образование новых