Еще в XVI веке поморские первопроходцы основали поселение, на месте которого в 1601 году был заложен город Мангазея.
Хотя датой основания города Мангазеи считается 1601 год, однако известно, что в этом году на высоком мысу был возведен только острог "с оградой из тына" – военное укрепление для сбора податей (ясака) в царскую казну. В качестве города Мангазея впервые упоминается в докладных документах лишь в 1607 году.
В 1642 г. старейшая мангазейская Троицкая церковь погибла в пламени пожара, но уже между 1652 и 1660 гг. была восстановлена. Упразднены же мангазейские храмы были одновременно с потерей статуса города Мангазеи в 1672 году.