Через Чу-Илийские горы проходит Автострада М 39, одна из самых оживлённых магистралей Средней Азии (Алма-Ата—Бишкек—Чимкент—Ташкент). Курдайский перевал и жд-станция Отар (в 25 км на север от автострады) во многом получили свою известность благодаря трассе.
В 2010 году через Чу-Илийские горы начато строительство участка новой дороги Западная Европа — Западный Китай, который пойдёт от отарского перекрестка не на Кордай и Бишкек, как Автострада М 39, а в обход Киргизии с севера, проходя южнее станции Чу прямо на Мерке.
Севернее посёлка Отар в Чу-Илийских горах находится военный полигон Матыбулак.